这番尝试被视为禁术并封印了起来。

    然而，大蛇丸为了收集各种忍术，所以仍旧在继续已被封禁的柱间细胞移植试验，他陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿。

    他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去。

    在筛选下一任火影之时，团藏曾打算推荐大蛇丸上位，以加强自己手中的权力，但三代目火影认为大蛇丸，眼中隐藏邪恶和野心，不打算将火影的重任托付到大蛇丸身上。

    随后木叶高层一同推举自来也的徒弟波风水门，因此，加深了大蛇丸对三代目火影的憎恨。

    随后团藏来到大蛇丸的实验室，大蛇丸认为第三代的本意，是要将水门当做傀儡，从而师徒一同控制木叶，团藏意识到照这样下去，木叶没有未来。

    随后大蛇丸表明只要将木遁移植实验研究成功，掌控木叶村的权利简直易如反掌，团藏也为掌控权利，等待着时机成熟从而实施强硬手段。

    之后，团藏带着自己的部下甲、乙、丙离开了大蛇丸的实验室。

    大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。

    后来，大蛇丸在准备处理试验尸体的时候，因为其它的实验暴露，令第三代火影及暗部留意到他的古怪行为，所以大蛇丸最后离开了木叶。

    在他叛离木叶的时候，自来也曾追上去挽留他，但还是无法改变他离开木叶的决定。

    后来自来也仍因为当时，无法把走向歧路的伙伴劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。

    不久后，在刚获得风魔一族的认同后，收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备夺取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。

    当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽，在加入晓组织之后，戒指是“空”，指环戴在左>> --