登海姆的曼德雷德·冯·泽尔特伯爵因为在黑死病时期的卓越表现，加冕为帝国皇帝，成为曼德雷德二世，并被冠以『灭鼠者』的称呼。

在曼弗雷德爆锤地表斯卡文鼠人的过程中，斯卡文鼠人还在地下王国玩着基操，一名灰先知展开了推翻疫病氏族的计划，他利用被奴役的人类医生和炼金术士，开始修补黑死病，使其对抗疫病氏族，使其对斯卡文鼠人更加致命。除此之外，这位灰先知还宣扬曼弗雷德的胜利是大角鼠对追随疫病氏族异端邪说的斯卡文鼠人氏族的神圣惩罚，并警告这些氏族不要过于依赖封地和领地，不要变得像人一样，那样将不再纯粹，将不再是一名真正的斯卡文鼠人。

那些被奴役的人类医生和炼金术士没有辜负灰先知的期待，甚至超出他的预期，一场灾难吞噬了地下帝国，黑死病彻彻底底的失控了，原本对斯卡文鼠人无效的黑死病在人类医生和炼金术士的改造下升级了，以直线上升的趋势感染并杀死斯卡文鼠人。

在黑死病的摧残下，氏族间的矛盾彻底爆发，各个氏族纷纷指责其他的氏族是这场瘟疫的幕后黑手。尽管这个锅不是疫病氏族的，但不妨碍魔都的居民把矛头指向疫病氏族，在灰先知们的煽风点火下，最终除了与疫病氏族站在一起的氏族外，其他的氏族都把矛头指向了疫病氏族。

随着的矛盾的升级，疫病氏族这个地下帝国的异端领导的伟大统治最终失败了。不过这次并没有爆发大规模的斯卡文鼠人内战，因为斯卡文鼠人在这一连串的过程中实力折损严重。尽管疫病氏族遭到了指责和不信任，但最终还是苟了袭来，保留了十三议会中席位。然而，疫病氏族并不甘心这样沦为不受欢迎的幕后角色，又开始操控了起来，与之前敌对的艾辛氏族结成了新的联盟。

七百年后，疫病氏族再次对地表人类王国发动袭击，再次对地表人类王国发动袭击，这次的目标不再是帝国，而是巴托尼亚，而且这次的瘟疫也不再是黑死病，而是红痘。因受害者脸上和喉咙上出现的血痕而得名，红痘并不像黑死病那样致命，极大地延长了受害者的痛苦，但控制起来稍微容易一些。

然后，黑死病中的剧本再次上演，只不过这次的时间、地点和人物三要素改变了，在得到艾索洛伦阿斯莱帮助的巴托尼亚军队给地表上的斯卡文鼠人军队一顿乱锤，最终将斯卡文鼠人赶回了地下。

这次之后，疫病氏族就没有上次那么幸运了，在一系列操作下，第二次斯卡文鼠人内战爆发了……到了现在，也就是达克乌斯在帝国转悠的时候，地下帝国的内战还在持续着。（这段之间讲过）

然而，达克乌斯的认知与威廉三世的讲述的内容存在着严重的冲突，威廉三世着重描绘了黑死病的过程，起初黑死病爆发的过程还能对的上，在帝国历1111年的冬天，一种奇怪而致命的疾病在帝国各个重要城镇同时爆发，数千人直接死亡，随着衣衫褴褛的难民涌入每条道路和河道躲避瘟疫的影响，瘟疫很快蔓延到整个帝国。

作为回应，许多城镇关闭了大门，驱赶难民，但为时已晚，因为瘟疫已经让帝国陷入困境。瘟疫到来后的几周内，村庄的人口锐减，而城镇所有的秩序荡然无存，惊恐的居民将自己封锁在家里，街道上散落着越来越多的尸体。所有的帝国城市中，只有米登海姆幸免，原因有很多，当时米登海姆的统治者曼德雷德当机立断下了封锁命令，此外与米登海姆的地形也有关>> --